光明寺の歴史は古く、その起源は1200年前の延喜式神名帳に記載された意富布良（大洞）神社まで遡ります。この神社はいつしか神仏一体神宮社になりました。室町時代に京都本願寺第八代住職の蓮如上人の教化によって神社と寺院が分離され、それが現在の光明寺の祖となる近江祖坊となったのです。
その後、時を経て岐阜と京都に光明寺岐阜本院、光明寺京都本院瑠璃光院などに発展していきました。 現在では、町屋光明寺、千葉光明寺、新宿光明寺瑠璃光院、埼玉光明寺などの別院を有しています。